Синопсис:

Santiago Puerta regresa de Italia, después de terminar su especialización en criminalística. Él está seguro de que su futuro prometerá mucho, después de tener una oferta de trabajo en la Fiscalía (Oficina de Investigación en Colombia) y por fin, retibuirle a su padre, Bernardo Puerta, el enorme esfuerzo que hizo para que él realizara la carrera como abogado y luego como un experto en investigación criminal.

En Italia, Santiago conoce a Lina Santana, su compañera de clases y después su prometida, una mujer con el don de ver el futuro. Pero cuando regresa a Colombia se encuentra con que no será tan fácil alcanzar la felicidad como pensaba.

Santiago tiene que enfrentar al padre de Lina, Rogelio Santana, que está completamente en contra su boda con Lina. Por otra parte, Santiago descubre que su padre ya no tiene nada de contador, y que ahora es el asistente de un peligroso hombre apodadado "El Kes", que encabeza una organización criminal en el Caribe colombiano.

Santiago convence a su padre de entregar a "El Kes" para que retome su vida normal, pero las cosas se complican cuando él comienza una relación con la amante del capo "La Bandi", una mujer que es maltratada por aquel sujeto.

Santiago tomó la decisión de dejar plantada a Lina poco antes de su boda para proteger la vida de su familia. Ahora, la familia de Santiago y la familia de "La Bandi" tienen que desaparecer y cambiar completamente sus vidas, beneficiándose de un programa de protección a testigos. Aún así, el peligro sigue latente porque "El Kes" está en busca del padre de Santiago y "La Bandi" para hacerles pagar por su traición.

Santiago tampoco resiste las exigencias del programa y la idea de que su novia lo crea muerto y la busca; violando todos los acuerdos que hizo al entregarse a la Fiscalía. Durante un tiempo y en el universo de Medicina Legal; Santiago y Lina se encuentran clandestinamente mientras tratan de investigar juntos el paradero de alias ‘El Kes'.

A pesar de su estreno que causó gran expectativa, ya que sería de manera simultánea con la serie del Canal Caracol El Cartel, fue ésta última quien terminó ganándose la audiencia del horario Triple A. Debido a su muy baja sintonía, el horario de Los Protegidos fue cambiado al de las 11:45pm de lunes a viernes